Такое часто бывает при полноэкранных играх, есть три способа борьбы:
1. Самый быстрый и самый плохой, применяется если нужно, чтобы работало прямо сейчас, к примеру, у меня в /etc/X11/xorg.conf в Section «Monitor» есть две такие строчки:
# HorizSync 28.0 — 33.0
# VertRefresh 43.0 — 72.0
Если вдруг не запустились иксы, то я просто их раскомментирую, а уже потом ищу проблему( Я предпочитаю графику, нежели чистую консоль ).
2. Правильный способ.
3. Пункт 2 + запуск приложений в отдельном X-сервере